1、干细胞来源：自体造血干细胞移植顾名思义就是供者来自患者本人，而异基因造血干细胞移植，供者则来源于他人，多为亲缘供者，部分为无关供者。
2、疗效及复发：虽然异体移植有着排异、感染等风险，但对于白血病、骨髓增生异常综合征等恶性血液病来说，通常其治疗效果较好，复发概率低。由于自体移植的造血干细胞来源于患者本人，可能由于异常细胞（如白血病细胞、骨髓瘤细胞）的残存导致复发,多应 用于淋巴瘤、骨髓瘤等疾病。
3、排异反应：一般来说接受自体移植的患者因干细胞来自自身，无需担心出现明显的排异反应。而异体移植的患者在干细胞植入后可能由于排异而导致其他并发症的发生，需要患者及时给予针对性治疗以及做好日常护理。
4、费用：自体移植没有移植后排异风险，花费相对较低，异体移植预处理阶段费用相对固定，植入后排异等并发症费用差异性较大。
对于血液病患者到底适合哪一种治疗方式，是否符合移植条件，选择自体移植还是异体移植，需要医生根据患者的实际病情评估后才能确定，只有选择最适合自己的治疗方式才能获得更加理想的治疗效果。
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